Houtskär omnämns i urkunderna för första gången som en kapellförsamling under Korpo år 1554, så på ön har det redan då funnits en kyrka. Runt år 1639 byggdes ett nytt kapell, som dock redan år 1692 konstaterades vara ”för gammalt och för trångt” och biskopen beordrade att ett nytt kapell eller en korskyrka skulle uppföras. Den nuvarande korskyrkan i trä byggdes under österbottningen Erik Nilssons ledning åren 1703–1704 och den tillägnades Jungfru Maria. Kyrkan är belägen i Näsby kyrkby på stranden av Hålaxviken. Det finns 250 sittplatser i kyrkan. 

Predikstolen i ek, sannolikt hemmahörande i den nuvarande kyrkobyggnadens föregångare, är från medlet av 1600-talet och tillverkades av en snickare vid namn Göran, det vill säga samma Göran som även gjorde predikstolen i Korpo kyrka. Kyrkans altartavla föreställer Kristus i Getsemane och är målad av Viktor Westerholm. I kyrkan finns fortfarande även en äldre altartavla från 1600-talets slut, föreställande den sista nattvarden. Därtill finns i kyrkan en tavla av åbobon Abraham Myra föreställande korsfästelsen från år 1670. Orgeln, tillverkad av danska Marcussen & Son, skaffades till kyrkan år 1954.

Vid kyrkogården står klockstapeln vars nedre del byggdes 1753 och övre del 1861. Till kyrkomiljön hör även prästgården som byggdes år 1860.

En kort historik över orglarna i Houtskärs kyrka kan du läsa här.